Il primo oggetto che diede origine a una collezione di reperti, primo nucleo di quello che diventerà il museo,[6] fu la Mensa isiaca, tavoletta bronzea giunta a Torino intorno al 1626 quando fu acquistata da Carlo Emanuele I di Savoia. La Mensa suscitò enorme interesse fra gli studiosi al punto che, verso la metà del XVIII secolo, si volle inviare una spedizione in Egitto per scoprire i fondamenti storici della tavoletta.

Tra il 1759 e il 1762 il botanico e professore universitario Vitaliano Donati, che era anche appassionato egittologo, ebbe perciò l'incarico di recarsi in Egitto per effettuare degli scavi; egli ritrovò vari reperti, tra cui tre grandi statue: il faraone Ramses II in granito rosa, la dea Sekhmet assisa e la dea Iside rinvenuta a Copto; tutto il materiale fu inviato al Museo dell'Università di Torino.

All'inizio dell'800, all'indomani delle campagne napoleoniche in Egitto, in tutta Europa scoppiò una vera e propria moda per il collezionismo di antichità egizie. Bernardino Drovetti, piemontese, console generale di Francia durante l'occupazione in Egitto, collezionò in questo periodo più di 7000 pezzi tra statue, sarcofaghi, mummie, papiri, amuleti e monili vari. Drovetti nel 1816 aveva offerto alla Francia la sua collezione, ma in seguito al rifiuto del governo di Parigi, propose la stessa al re Carlo Felice che, seguendo il parere di illuminati consiglieri della corte, acquistò nel 1824 questa grande collezione per la cifra di 400.000 lire[7] e, unendovi altri reperti di antichità classiche di Casa Savoia, tra cui la collezione Donati, diede vita al primo Museo Egizio del mondo.]. La raccolta arrivò prima a Genova via nave poi, appena giunse a Torino, venne posta nelle sale dell'Accademia delle Scienze; qui si recò Jean-François Champollion che presenziò all'apertura delle numerose casse ed ebbe modo così di verificare sugli originali, in questa grande quantità di materiale, quanto aveva scoperto.

Dal catalogo che fu pubblicato nel 1888 a opera della direzione del Museo, la collezione di reperti egizi, con ulteriori acquisizioni, contò 7400 pezzi a cui si aggiunsero in seguito anche parte dei reperti appartenenti alla raccolta di Athanasius Kircher, padre gesuita ed egittologo del seicento.Nel 1894 divenne Sovrintendente del Museo Ernesto Schiaparelli che era stato allievo di Gaston Maspero; egli, come farà poi il suo successore Farina, promosse nuovi scavi in Egitto, ottenendo così nuove acquisizioni e documentazioni dalla fase più antica fino all'epoca copta, mettendosi personalmente a condurre almeno quindici importanti campagne di scavi. In questo modo, intorno agli anni trenta del '900, la collezione arrivò a contare oltre 30 000 pezzi in grado di testimoniare ed illustrare tutti i più importanti aspetti dell'Antico Egitto, dagli splendori delle arti agli oggetti comuni di uso quotidiano.

Il museo è dedicato esclusivamente all'arte e alla civiltà egizia. Al suo interno si possono trovare gruppi statuari, mummie, papiri, arredi funerari e di uso comune e tutto ciò che riguarda l'antico Egitto, compresi animali imbalsamati.

Nel 2013 il museo è stato inserito dal quotidiano britannico The Times nella classifica dei 50 migliori musei del mondo

Dopo lavori di ristrutturazione e ampliamento, il 1º aprile 2015 il museo, con un'estensione di 12000 m², completamente ristrutturato è stato nuovamente inaugurato con una superficie espositiva più che raddoppiata, una sala mostre, e aree per la didattica. Il museo risulta suddiviso in cinque piani espositivi (quattro piani fuori terra e uno sotterraneo) con un percorso di visita cronologico. Alcuni di questi interventi di ampliamento sono stati realizzati grazie al Gioco del Lotto, in base a quanto regolato dalla legge 662/1996[12]. Il museo dispone oggi di quarantamila reperti, in parte esposti in sale dotate di un moderno impianto di controllo igrotermico.

Inoltre il museo è fornito di un'importante biblioteca, spazi di restauro e studio di mummie e papiri e dal giugno 2015 partecipa a una spedizione archeologica internazionale in Egitto.

Dopo un anno dalla riapertura, con il nuovo allestimento il risultato è di quasi un milione di visitatori, posizionandosi così tra i musei più visitati d'Italia

Il 29 giugno 2022 viene inaugurato il giardino botanico, visitabile gratuitamente, dedicato alla flora dell'antico Egitto

Il Museo Egizio prevede percorsi e laboratori specifici per soddisfare bisogni speciali. Per avere ulteriori informazioni e organizzare un percorso di visita speciale, telefonate al numero 011 4406903 o inviate una mail a info@museitorino.it.